У Biomutant є розгалужені сюжетні лінії, де рішення, прийняті гравцем, будуть визначати, як історія триватиме. Світ Biomutant вражений стихійним лихом, оскільки отруйна масло виходить з-під поверхні і забруднює Древо Життя. У Древа Життя п'ять коренів, через які воно дає життя всьому світу. Щоб врятувати Древо Життя, гравцям потрібно дістатися до кінця кожного кореня, де, крім масла, істота руйнує корінь, гризучи його. Є також шість племен, що відділилися від свого початкового анклаву. Троє з них хочуть зцілити Древо Життя, а троє інших планують робити щось самостійно. На кожне плем'я впливає система Карми. Гравець може вступити в союз з племенем і знищити інші племена, щоб збільшити могутність союзного племені в світі, хоча гравець також може вирішити долю Дерева Життя, не вбиваючи будь-яка з племен